شبیه سازی دینامیک مولکولی دانه درشت عبور حامل دارو از غشا سلول

Authors

بهزاد دمیرچی

میلاد ریسمانیان

محمد سعید سعیدی

بهار فیروزآبادی

abstract

با گسترش روزافزون صنعت داروسازی و ساخت داروهایی با عملکرد مشخص، انتقال آن به داخل سلول نیز از اهمیت بسیار بالایی برخوردار است. غشا سلول در برابر ترکیبات آب دوست غیر قابل نفوذ است و مکانیزم های انتقال اختصاصی برای نفوذ آن ها مورد نیاز است. بنابراین لزوم پیدا کردن راهی برای تسهیل عبور این داروها از غشا سلول مطرح است. در این بین پپتایدهای با قابلیت نفوذ به سلول نشان دادند که می توانند به عنوان حامل دارو مورد استفاده قرار گیرند چراکه توانایی عبور از غشا بدون نیاز به انرژی یا ریسپتور را دارا می باشند. در این پروژه به بررسی عبور یکی از این پپتایدها به نام پنتراتین از غشا سلول توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی هدفمند با سرعت ثابت و با استفاده از روش دانه درشت مارتینی پرداخته شده است. ابتدا در یک شبیه سازی تعادلی جهت گیری پپتاید طی نزدیک شدن و نشستن بر روی غشا بررسی و نشان داده شد که برای بررسی فرآیند نفوذ آن به داخل سلول، نیازمند استفاده از دینامیک مولکولی هدفمند می باشیم. سد انرژی پیش روی این پپتاید برای نفوذ به داخل سلول و انتشار آن در داخل غشا بررسی شده است. در این پژوهش نشان داده می شود که تشکیل حفره آب برای نفوذ این پپتاید به داخل سلول باعث شکسته شدن سد انرژی و عبور آسان آن از غشا سلول می شود که با نتایج پژوهش های پیشین همخوانی دارد. همچنین میزان سد انرژی برای عبور این پپتاید از غشا 110 کیلوژول بر مول بدست آمد.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

بررسی میانکنش پپتید ضد میکروبی سیکلوویولاسین o2 با غشا باکتری با روش شبیه سازی دینامیک مولکولی

چکیده سیکلوتیدها پپتیدهای کوچک غنی از باندهای دی سولفید هستند که از گیاهان جدا شده اند و دارای طیف وسیعی از فعالیت های زیستی شامل فعالیت ضد میکروبی، ضد تومور، حشره کشی وAnti-HIV می باشند. با توجه به افزایش باکتری های مقاوم به دارو، جامعه ی جهانی در حال رویارویی با یک چالش جدی است و نیازی ضروری به ترکیبات جدید برای درمان بیماری ها احساس می شود. سیکلوتید ها به عنوان پپتیدهای کوچک، پتانسیل بالایی ...

full text

مطالعه درختواره‌های پلی‌آمیدوآمین مزدوج شده با دارو: سنتز و شبیه سازی دینامیک مولکولی

درختواره‌ها طبقه نسبتا جدیدی از مواداند که دارای ساختار مولکولی و ابعاد واحد در مقایسه با پلیمرهای خطی هستند. درشت‌مولکول‌های درختواره می‌توانند شامل چند نوع گروه عاملی باشند که به‌طور موفقیت‌آمیز با روش‌های واگرا یا همگرا سنتز می‌شوند. گروه‌های عاملی موجود در سطح آنها باعث می‌شود تا این ترکیبات آب‌دوست شده و در آب بسیار محلول باشند. قطر درختواره با افزایش نسل تا یک نانومتر افزایش می‌یابد، در ح...

full text

بررسی تاثیر نوع حلال بر روی شکل گیری لیپوزوم دوناگزومه (DSPC-CHOL) با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی دانه درشت

لیپوزوم‌ها به طور گسترده به عنوان حامل برای تعداد زیادی از مولکول‌ها در مطالعات دارویی مورد استفاده قرار می‌گیرند. پایداری و شکل‌گیری لیپوزومی، در دارو رسانی، بسیار حیاتی و مهم است و می‌تواند متاثر از ترکیب فسفولیپیدی غشاء لیپوزوم باشد. در این تحقیق اثر نوع حلال بر روی شکل‌گیری لیپوزوم دوناگزومه(DSPC-CHOL) بررسی گردید. به این منظور از روش‌ شبیه سازی دینامیک مولکولی استفاده شد. آنالیز تابع توزیع...

full text

شبیه سازی مولکولی غشا و توزیع دارو در غشاهای بیولوژیکی

در این تحقیق ابتدا با توجه به ویژگی نفوذ دارو در سیستم های بیولوژیکی که عبارتند از رخداد این پدیده در مقیاس های زمانی و مکانی در ابعاد نانو، این سیستم های بیولوژیکی به طور مختصر شرح داده شده و نحوه نفوذ دارو و مکانیزم های مختلف جذب دارو بیان می شوند. در ادامه برای بررسی و شبیه سازی این پدیده به دلیل تحول زمانی آن، از روش دینامیک مولکولی استفاده می شود. اساس این روش حل معادلات حرکت نیوتن برای تک...

شبیه سازی عبور خودروی شنی‌دار از موانع

از جمله قابلیت‌های مهم خودروهای شنی‌دار، توانایی عبور آنها از ناهمواری‌هاست. گودال‌ها و دیوارهای عمودی در مقابل حرکت، نمونه‌ای از ناهمواری‌های رایج در برابر این نوع خودروها هستند که می‌توانند به‌طور قابل‌ توجهی حرکت خودرو را تحت تأثیر قرار دهند و مانع از ادامة حرکت شوند. صحت‌سنجی این قابلیت پس از یافتن یک مدل نظری جهت تحلیل و هزینة زیاد ناشی از آزمایش روی این نوع خودروها، لزوم شبیه‌سازی نرم‌افز...

full text

هدایت گرمایی پلی آمید 6و6 در مرز: شبیه سازی دینامیک مولکولی دانه بندی درشت

ما از روش شبیه سازی دینامیک مولکولی غیر تعادلی معکوس برای محاسبه ی هدایت گرمایی استفاده کرده ایم. در این روش جعبه ی شبیه سازی ، به باریکه هایی در راستای انتقال گرما تقسیم بندی شده، به طوری که باریکه z=0 باریکه گرم ( صفحه گرافینی ) و آخرین باریکه ( لایه پلیمری در مرز خلاء ) به عنوان باریکه سرد در نظر گرفته شده است. ترتیب قرار گرفتن لایه ها بین سطوح روی سرعت انتقال گرما تاثیرگذار است. لایه های نز...

My Resources

Save resource for easier access later


Journal title:
مهندسی مکانیک مدرس

Publisher: دانشگاه تربیت مدرس

ISSN 1027-5940

volume 14

issue شماره 15- فوق العاده 2014

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023